畜禽糞污水處理成本高、工藝復雜是影響畜禽糞污處理的因素之一。因此，如何對畜禽養殖污水進行無害化處理顯得十分關鍵，而畜禽養殖污水處理方法及技術的選擇更是決定畜禽污水處理成本及工藝的重要因素。
1、物理技術
物理技術如格柵、篩網、固液分離、沉淀、過濾、氣浮及膜濃縮等為養殖污水處理的常見技術；物理技術一般放置于污水處理技術流程中的最前端，如通過格柵、篩網、固液分離、沉淀等去除污水中的懸浮或固體物質，便于后續的處理。
2、生物技術
生物技術是污水處理中最常見的技術，主要依據微生物進行污水的處理，依據微生物的種類主要分為好氧生物處理及厭氧生物處理技術。
好氧生物處理工藝可使出水有機物濃度低，氮磷去除效果較好，但存在投資能耗高、運行費用高的問題；厭氧生物處理工藝能直接處理高濃度有機廢水，且污泥量產量低，耗能低，運行成本低，但該處理技術使出水得有機物濃度高，氮磷去除效果差，不能很好的達到排放標準。而厭氧、好氧生物處理工藝組合技術可在降低處理成本同時，達到排放標準，因此是當下最適宜的生物處理技術。
3、化學技術
化學處理技術也是畜禽養殖污水處理中常用技術，如絮凝、電解、消毒等。化學處理中，有些技術成本較高，因此需要在后續較清潔的污水中處理，如消毒技術，有時添加消毒劑或臭氧等對出水中仍有可能存在較多的病原微生物進行殺滅。
4、自然處理技能
自然處理技術中常見的是人工濕地和氧化塘系統。人工濕地系統是模仿自然生態系統中的濕地，主要利用土壤、人工介質、植物、微生物的物理、化學、生物三重協同作用，對污水、污泥進行處理的一種技術。
5、氧化塘
氧化塘是一種利用天然凈化能力對污水進行處理的構筑物的總稱。氧化塘污水處理系統具有基建投資和運轉費用低、維護和維修簡單、便于操作、能有效去除污水中的有機物和病原體、無需污泥處理等優點。
綜合以上，污水處理技術的選擇應根據污水的成分及特點，在綜合考慮經濟、資源成本的前提下，根據糞水處理階段的技術需求，對各物理、化學、生物及自然處理技術進行技術選擇，進而構建適宜的污水處理模式。